今日はこころの初仕事の日。姉のいいなとあるとに囲まれ、やる気まんまんのこころだが、山奥にある「ココロ図書館」にはいっこうに利用者がやってこない。がっかりするこころだが、スクーターで山道を登ってきたかえでと仲良くなり、かえでが読みたがっていた本を貸し出しすることができて大満足。数日後、本の返却日にわくわくしながらかえでがやってくるのを待つこころだが…。

ただでさえ来館者の少ない「ココロ図書館」。その来館者がさらに減ってきていることに気づいたこころたちは、みんなで利用者を増やす方法を考えることにする。手作りのチラシを作って町で配ることにした三姉妹だったが、あるとの何気ない言葉を聞いたこころはショックを受けてしまい…。

こころのお気に入りは人気作家・ひめみやきりん先生の小説。長女のいいなと二人、きりん先生談義に盛り上がるこころを、なぜか一人冷静に見ている次女のあると。実は「ひめみやきりん」はあるとのペンネームだったのだ。ところが出版社の企画で、きりん先生と読者のこころが対談することに…。

夏休みということで海に旅行することになった三姉妹。しかし、いいなが借りた宿というのは「海の家図書館」。図書館をきりもりすることを条件に宿を借りたことをいいなから聞いたあるとはガッカリ。いっぽう、こころは近くの別荘に来ている少女・みさとのところまで本を届けに行く。二人はすぐに友達になるが…。

ココロ図書館に怪盗ファニー・トータスの予告状が。いいなによれば、狙われているのは図書館の大切な蔵書「ジョルディの日記」だという。変装の名人・ファニー・トータスと怪盗逮捕に乗り出した梶原警部、そして警部率いる婦警軍団「カージーズ・エンジェル」の登場で、静かなココロ図書館は大騒動に…。

町で行われる「新人社員司書研修」に、ひとりで参加することになったこころ。心配でたまらない姉のいいなだが、こころ自身ははじめての一人旅でウキウキ気分。ルームメイトの珠音（じゅね）はアンドロイドの司書でちょっとビックリしたこころだったが、すぐに二人は打ちとけあって仲良しになる。都会の図書館で、初めての実地試験を受けることになるこころたちだが…。

こころが研修に出かけてしまったココロ図書館。館長代理のいいなは愛する妹がいないため、すっかり魂の抜け殻状態で、遊びに来たあかはにこころのコスプレをさせだす始末。途方にくれるあるとだが…。

ココロ図書館に実地研修として、井上ひかりちゃんという司書の女の子がやってきた。新しい仲間が加わり、先輩として張りきるこころだが、ひかりちゃんはココロ図書館のメンバーにちっとも心を開いてくれない。実は、ひかりちゃんのお母さんが病気で入院しているということがわかって…。

仲良しになったひかりとこころ。とはいえ、どこか冷めているひかりの態度は変わらず、ひめみやきりんの小説にシビアな批評をしてあるとを落胆させたり、こころにべったりでいいなをやきもきさせたり、集配に来た上沢に「あなたの恋は実らない」などと言い出す始末。途方にくれるいいなたちだが、ひかりのお母さんが手術を受けることになり…。

ゼロは火龍をテクノロジアへ向けるが、銀河鉄橋と呼ばれる重力地場の不安定な場所を通らざるを得ないことを知る。周囲は磁気嵐や稲妻だらけ。その影響で機械化人クルーに変調が。人間クルーのみの手動操作で銀河鉄橋を突破しようとする火龍であったが…。

新しい市長さんは、若くて美人な女性市長。その市長さんが、ココロ図書館を訪問することになり、こころたちは歓迎の看板を作ったりお洒落をしたり大忙し。だが、現れた市長さんは、ココロ図書館への援助を打ちきると通告するが…。

閉館の動きにも明るく気丈に振舞うこころ。でも本当はお父さんの作ったココロ図書館でみんなと司書をしていきたい想いは募る。こころは直接、市長にその想いを伝えに行こうとするが途中で車が故障したり…。ココロ図書館の行方は!?

Xマスイブ、ココロ図書館の恒例行事、みんなサンタの格好をしてプレゼント代わりに本の貸し出しに行く。そしてXマスの日、ココロ図書館は屋根まで大雪に埋もれてしまい、こころたちは閉じ込められてしまう…。
(地上波未放映エピソード)