Ｆ県Ｆ市の地下深くに本部を構えるアクロスは、世界征服の第１歩として市街征服をたくらむ理想推進機関。とはいえ美形の総帥イルパラッツォ以下、構成員はお馬鹿＆お元気少女のエクセルという情けなさ。さて、本日の指令は「社会に害毒を垂れ流す漫画家を抹殺せよ！」任務を果たすべくターゲットの仕事場に向かうエクセルだが…。

ときならぬ大雨にアクロス地下本部は冠水状態。雨にもめげず生活費のために新聞配達にはげむエクセルだが、期せずして地球を侵略に現れた超プリティな宇宙人、プチュウの先遣部隊と遭遇する。なりゆきでプチュウを撃退、武器と宇宙艇を手に入れるエクセルだが…。

アクロス本部でイルパラッツォの指令を受ける謎の新構成員ハイアット。せき込み喀血し、あげくのはてにその場で死んだかと思うと生き返るといった具合の異常さだが、なぜかイルパラッツォは動じない。さてそのころ、エクセルは某国某所の前線基地で、不審な捕虜として囚われの身となっていた。同じく捕虜となっていた鉄仮面の老人とともに脱出を図るエクセルだが…。

エクセルたちの潜伏するアパートに住んでいる就職浪人トリオの一人　渡辺は、道端で行き倒れになっているハイアットを助ける。彼女に一目ぼれした渡辺は、岩田と住吉の冷やかしにもめげず、なりゆきで彼女をデートに連れ出す。いっぽう、エクセルは行き倒れたハイアットを必死で捜していた。二人はめでたくデパートで再会するが…　恋愛シミュレーションゲームのパターンをパロったトキメキ？ラブコメ編！

エクセルとハイアットは、市政の中枢である市役所に潜入することに。本来の目的はアクロスの存在を当局に察知されないための証拠隠滅…のはずが、なぜか市政の腐敗を次々と暴いてしまい「すぐ殺る課」のヒットマンに狙われる羽目に。いっぽう偶然ハイアットが送信した証拠データがなぜか市の新聞社に届いて…。

郊外の山の頂上に秘密兵器を設置する指令を受けたエクセルとハイアット。近くのペンションでバイトにいそしみつつ、山頂へのアタックを繰り返す。いっぽう、近くにある市の研修所では、「市街安全保障局」を設立した市政の黒幕・蒲腐博士が、研修生たちの到着を首を長くして待っていた。そんな状況をまったく知らない岩田たち一行は、一路研修所に向かうのだが…。

蒲腐博士の命により、Ｆ市の地下下水道の調査に乗り出した岩田たち安全保障局の一行。彼らの侵入を察知したイルパラッツォは、エクセルとハイアットに迎撃を命じる。互いの正体がつかめないまま、アクロスと安全保障局のへっぽこな戦いが繰り広げられるがそこに予期せぬ第３の敵が…！

なぜか唐突に季節は夏。活動資金が底をつき待機中のエクセルたちは、近所に住む美少女コゼットとプールに出かける。エクセルはコゼットのおごりで飲み食いしまくる情けなさ。だがコゼットには別の目的があった。薄幸の美少女コゼットの正体はすご腕の暗殺者だったのだ。美女達のあふれるプールの中で、特製の殺人浮輪で接近するが…。首を長くして待っていた。そんな状況をまったく知らない岩田たち一行は、一路研修所に向かうのだが…。全編美女まみれ、男は画面にまったく現れない視聴者サービス満載？の実験劇場。

ボウリング場でバイトすることになったエクセルとハイアット。そこに突然ダイ・ハードばりの武装集団が。彼らは撮影中のボウリング番組をジャックし、ボウリングの普及に努めようとする過激派ボウラー集団だった。ハイアットを人質にとられてしまったエクセルは反撃を試みるが…。主題歌を歌うエクセル・ガールズも特別出演。

非常食としてエクセルに飼われる薄幸の雑種犬・メンチ。ついにアパートから脱出を果たしたメンチはかつての飼い主である老人を訪ねて旅に出る。野良犬達のグループと合流し、彼らの協力で老人の家を探しだすが彼らを待ち受けていたのは保健所の特殊野犬捕獲部隊、通称ハウンドだった…。

教育現場の実態を探るため、エクセルはハイアットを引き連れかつての母校に教育実習生として潜入する。だが、その高校は県下でも名高い不良高校に成り果てていた。さっそく二人に不良達がからんでくるが、エクセルたちはいつものペースで彼らを軽くあしらってしまう。それを見ていた野球部の顧問教師イソップは、二人に野球部を立ち直らせるべくコーチを頼むのだが…。

蒲腐博士の命により、県下の警察署に研修ということで配属された岩田たち安全保障局の一行。彼らを迎えたのは刑事ドラマかぶれの女刑事・藤堂ぷりんだった。いっぽう、街角でクリスマスケーキ売りのバイトにいそしむエクセルたちだが、ふとしたすきにハイアットが強盗犯に誘拐されてしまい…。

エクセルとハイアットが東西両チームに分かれてお贈りする、新春恒例の特別篇。お宝っぽいけれどどこかで見たような映像満載の30分！

蒲腐博士率いる市街安全保障局に、新たな女性メンバー・六本松が加入。人間離れした彼女の能力に他のメンバーは疑問を抱くが、岩田だけはおかまいなしにモーションをかけまくり周囲をあきれさせる。そんな折りも折り、アクロスの仕掛けた時限爆弾が市街で発見され…！

爆死？した六本松はみごと復活したのはいいが、一転して猫耳キャピキャピロリータロボに変貌していた。反動で新六本松を毛嫌いする岩田だが、六本松はおかまいなしに一同のアパートに越してくる。いっぽう、エクセルたちは再び市街に爆弾ロボットを繰りだし…。

エクセルとハイアットのアパートになぜか突然送り届けられた新旧２体の六本松。なりゆきでエクセルたちは六本松を居候させることになる。食事はもちろん金策までしてくれる六本松にエクセルたちは大喜びだが、六本松が強盗を行なってそれらを手に入れたため、４人は揃って警察に追われるはめに…。

あこがれの海外出張？落とし穴経由で安直にアメリカに向かうエクセルとハイアット。ダウンタウンの不良達に狙われたところを一人の少年に助けられる。少年はジャパンマネーを稼ぐべくビッグなアニメーターを目指していたのだが…。

F県F市の状況を憂える市政者たち。蒲腐博士は待ってましたとばかりに、市立戦隊ダイテンジンを出動させるが…。「エクセル」原作漫画のルーツとなった幻の漫画が、いまアニメでよみがえる？

例によってアパートに幽閉状態のメンチ。ふとしたことから脱出に成功し、大富豪のお嬢様・アン安西と知りあう。アンは安西財閥の遺産相続を賭けた「80時間世界一周」の真っ最中。なりゆきでメンチはアンと行動をともにすることになるが…。

アニメ版の脇役として登場しておきながら、いつしか主役をさしおいて独自のストーリーを展開するに至ったペドロ。そんな彼の怒涛の生き様を描く、ペドロファン（いるのか？）待望の総集編！！愛を求めてさすらう魂の彷徨い人に、明日はあるのか？

実はビジュアル系にひそかな羨望と嫉妬を抱くアクロスの総帥イルパラッツォ。そんな彼の元に、本部から派遣された美貌の連絡員・KEYが指令を携えて現れる。歌もギターもうまけりゃルックスも抜群なKEYにいらだちを隠せないイルパラッツォ。しかしその様子を見たエクセルは、自分に優しくふるまうKEYへの嫉妬と勘違いし…。

本部からのせっつきも手伝い、市街征服計画に本腰を入れ始めたイルパラッツォ。ちゃきちゃき征服計画を進めようとするエクセルたちだが、そのはるか頭上の宇宙空間では、再び地球征服をたくらむプチュウの宇宙船と、それを阻止して姫すなわちハイアットを救出せんとする他のプチュウの宇宙船が大宇宙戦争を繰り広げようとしていた…。

プチュウ惑星都市の墜落により、F県F市は壊滅し、暴力が支配する無法の荒野と化していた。アクロスの所在を求めて一人さすらうエクセルはふとしたことから少年バッドを助けて強盗団と戦う羽目になるが、アクロスが征服活動を開始したことを知り…。

イルパラッツォの銃弾を受け、砂漠に倒れたエクセルを救ったのは、市街安全保障局のメンバーだった。床に伏した蒲腐の意志を受け、アクロス打倒に出撃するダイテンジン。いっぽう、記憶を失ったエクセルはメンチと出会い…。

アクロス移動要塞を攻撃するダイテンジンは、秘密兵器カパプロポの援護の元、要塞内に突入する。いっぽう、ハイアットの助けで要塞内に潜入したエクセルはイルパラッツォと出会い…感動のオンエア最終回！

オンエア開始から終了まで、なにかと物議をかもした世紀末の実験アニメ「エクセル・サーガ」。TV放映という規制の枠を取り払い、TVで出来なかったあんなことからこんなことまで無節操に詰め込んだ特別編！イベントで上映されファンの罵声と喝采を浴びた「やりすぎ」は必見です!!