旅の途中に届けられた手紙の誘いで港町へ来たリナたちを待っていたのは、異国へ旅立つ大船団と、懐かしいゼルガディスやアメリアだった。さらに手紙の主であるフィリアという美少女には…尻尾!? 事情もよく判らない中、得体の知れない黄金竜が襲ってきて港町は大混乱。第3シリーズの開幕だ!!

意気揚々と旅立ったリナ一行だが、船に積まれていた食料が流されていることにも気づかず、何日も漂流する羽目に!!やっとの思いで辿り着いた街でリナたちの前に再び黄金竜が現れた。なんとその正体は、謎の少女フィリア。世界の危機を救うためにと、火竜王の神殿へリナたちを招待するというのだ。

火竜王の神殿を目指すリナたちは、立ち寄った街で、かつて一緒に旅をしたこともある魔族ゼロスの姿を見かける。彼を追いかけるうちに、砂族の神殿へと来てしまったリナたちは、そこで砂族の宝を奪おうとするグラボスたちと、リナを仇と狙う、魔竜王ガーヴの腹心、ヴァルガーヴが待ちかまえていた。

ゼロスがこの地に現れたのは、リナを囮にして、魔族から追われる身のヴァルガーヴをおびき出そうとするためだった。大暴れするサンドワームに乗じて、襲いかかってきたヴァルガーヴに圧倒されるリナたち。戦いの中、アルメイスと名乗る、異形の者まで現れ、事態はますます混乱していく…。

新たに旅に加わったゼロスとフィリアの仲は最悪。ゼロスとの口げんかに負けたフィリアは、一人で街中に飛び出していってしまう。ところが、その街はドラゴンを忌み嫌う街だった。なんとかフィリアを助けようと、駆けつけたリナたちだったが、ゼロスの嫌みの一言で、プッツン切れたフィリアがドラゴンに変身!!

太古に竜族が作り上げた遺跡に辿り着くリナたち。大昔に動きを止めたと思われた遺跡だったが、リナたちの魔力に反応して暴走を始めてしまう。必死に止めようとするリナたちだったが
魔力を遺跡に吸い取られて呪文を使うことが出来ない。このままだと火竜王の神殿へ突っ込んでしまう…。

火竜王の神殿を壊してしまったリナたちは、その修復工事にかり出されることになってしまう。どうにか修復を終えたリナたちに竜族の最長老は、神託によって告げられた世界の危機を救うように依頼するのだった。ところが、その時突如として、謎の巨人アルメイスが姿を現した。

アルメイスの目的はダークスターが生み出した五つの武器をそろえることだと言う。自分たちの世界を巻き込まないことを条件に、最長老は要求をのもうとするが、アルメイスの裏切りに感づいたヴァルガーヴが現れる。かつて竜族が滅ぼしたエンシェントドラゴンの生き残りで竜族に復讐を誓っていたのだ。

世界を救うための旅に出たリナたちは、ガヴリイの持つ「光の剣」を始めとした、五つの武器を探すことに。仲違いする二つの国に、一対の魔道器があるという話を頼りに、それぞれ王宮に忍び込んだリナたち。王子マルコと、王女セーラの助けもあり魔道器を手に入れるが、そこへグラボスたちが現れて…。

二つの国の関係修復を望む王子と王女だったが、魔道器を奪われたことで、国家間の緊張は一触即発の状態にまで高まってしまう。しかも、グラボスの手にしたラグド・メゼギスが暴走してしまい、辺りはパニックに。その時、魔道器が発動し…。リナたちは上手く事態を収拾することができるのか?

五つの武器を探して旅を続けるリナたちは、とある山の神殿に中に入るやいなや、ガウリイが一人はぐれてしまう。さらに敵のジラスが爆薬の量を間違えるというミスで、神殿ごと大爆発に巻き込まれてしまうリナたち。そのどさくさで「光の剣」まで奪われてしまうのだった。

奪われた「光の剣」を取り返すためにジラスの後を追いかけていくリナたち。だが辿り着いたその先はヴァルガ―ヴの本拠地だった。一方、別行動をとっていたゼロスは、ヴァルカーヴの元を訪れていた。 ゼロスはヴァルガーヴを、弱体化した魔族の側にスカウトしようとするのだが…。

ヴァルガーヴを魔族に引き込もうとするゼロスは、その条件として、ガーヴの仇であるリナの命と引き替えにしようとするが拒絶され、さらに攻撃を受け瀕死の重傷を負う。駆けつけたリナたちも「光の剣」を奪われてしまう。二つの武器を手にしたヴァルガーヴはダークスターを召還するゲートを開こうとする!!

ヴァルガーヴを説得しようとするフィリアだったが、この世の全てを憎しみの対象とするヴァルガ―ヴは、ついにダークスターを召還するゲートを開けてしまう。この強大な魔をくい止めるには、更に上位の存在である『金色の魔王（ロード・オブ・ナイトメア）』の力を借りた『ギガスレイブ』のみというのだが…。

目覚めたリナは名も知らぬ島に打ち上げられていた。側には誰の姿もなく、たった一人きりで不思議な島の中をさまよい歩き、やっと辿り着いたパーティー会場でゼルガディスと再会する。だがこの悪意あふれる異常な世界からは抜け出すことが出来なかった!!

ゼルガディスとフィリアと共に再び旅を始めるリナ。ガウリイとアメリアの二人を探すために、海を渡ろうとするリナたちの前に幽霊船が現れる。無謀にも乗り込んだリナたちは、悪霊によってツボに封じこめられたという船長から、悪霊を退治するように頼まれてしまうのだが…。

一人はぐれてしまったアメリアは、半魚人たちの住む島に漂着していた。そこで知り合ったライラという半魚人は、人間のケレルと、種族を超えた愛を育んでいた。だが二人の仲をライラの父親は認めなかった。そこでアメリアは再会したガウリイと共に二人のために、半魚人を人に変える秘薬を探すことに!!

リナたちを探して、旅を続けるアメリアとガウリイは、その道中にピースマンを名乗る五人組の老人たちと出会う。リタイヤするメンバーの替わりに、アメリアとガウリイはピースマンの跡を継ぐことになってしまう。そして近隣の村を脅かす悪魔の声の正体を探るために行動を開始するのだが…。

ようやく仲間たちと合流できたリナたちは再び世界の危機を救うため、ダークスターの生み出した最後の武器を見つけに旅を再開する。そんな時、ジラスが傷を癒していた村に、無数の怪物が襲いかかってきた。リナたちもその怪物たちと戦うのだが、そこにアルメイスの仲間のエルロゴスが現れた。

立ち寄った鉱山でリナたちは、街を救う聖者の伝説を信じる少女アンナに出会う。またアルメイスのもう一人の仲間であるシーリウスも、この街に現れていた。 シーリウスを伝説の聖者と思い込んだアンナだったが、シーリウスは救いどころか、強大な魔力を放ち、街にも破滅をもたらしてしまうのだが…。

封印された謎の神殿にたどり着くリナたち。残された残留思念から、フィリアはかつて、この地でエンシェントドラゴンの力を恐れた黄金竜たちが一方的に虐殺を行った事実を聞く。封印を解こうとしたその時、アルメイスたちとゼロス、さらに黄金竜の最長老も姿を現し、最後の武器を巡る戦いが始まる!!

アルメイスたちと黄金竜たちが戦う最中、リナたちは最後の武器の封印を解こうとする。ゼロスを出し抜き、ラグナ・ブレードを発動させ、ついに最後の武器｢ガルヴェイラ｣を手に入れる。
だが意見の対立するアルメイスを殺す機会を伺うエルロゴスとにらみ合う隙に、ゼロスが「ガルヴェイラ」を奪い取って行く！

不完全に閉じられたダークスター召還ゲートは、刻一刻と完全に解放される瞬間を待っていた。だが、「ガルヴェイラ」を手に入れたゼロスは召還ゲートを完全に消滅させようとしていた。
一方、大急ぎで召還ゲートを目指すリナたちは、ジラスの思わぬ妨害に遭う。だがフィリアの自己犠牲の精神に打たれ…。

開かれつつある召還ゲートを前に集結したリナたちは、二つの世界を救うために、ダークスターを討つ事を決意する。頼みの綱はダークスターが生み出した五つの武器。後を追いかけていくリナたちは、目的地が火竜王の神殿だったことを知る。そしてダークスターの影から、なんとヴァルガーヴの姿が!?

死んだはずのヴァルガーヴが生きていた事実に衝撃を受けるリナたち。ヴァルガーヴはダークスターにやられたのではなく、内部に吸収されていたのだ。ダークスターの力を得たヴァルガーヴは、火竜王の神殿を一撃で壊滅する。黄金竜に復讐を遂げたヴァルガーヴは、更に世界の浄化を宣言する。

暴走を始めたヴァルガーヴにギガスレイブさえも封じられてしまうリナ。絶体絶命の危機の最中、フィリアは神託の言葉が、神と魔の力を束ねる呪文であることに気がつく。だが、この呪文を使えばヴァルガーヴさえも滅ぼしてしまう。なかなか決心のつかないフィリアだったが…。シリーズ最終話。