伝説の賞金首、ヴァッシュ・ザ・スタンピード。ヴァッシュについてのさまざまな噂が飛び交う辺境の町に、彼の正体をつきとめるために保険会社から派遣されたメリル＆ミリィのOLコンビが現れる。ヴァッシュを巡る賞金稼ぎ達の争いに巻き込まれる二人。だが本物のヴァッシュが現れ…。

次にメリル＆ミリィが立ち寄った町では前回出会った男が、なぜかヴァッシュの名をかたり町の名士の用心棒に。水源地をめぐる陰謀に巻き込まれる３人だが…。

伝説の銃職人フランク・マーロンを捜しにワーレーンの町にやってきたヴァッシュ。しかし捜し求めていたマーロンは、酒びたりの毎日を送り役立たずとののしられていた…。過去に彼が町の住民を犯罪から守るために作った銃が犯罪に使われ、自分の妻子を殺害されたことが原因と知るヴァッシュだが…。

ヴァッシュを捜索する旅に出ていたメリル＆ミリィは、とある町の酒場で起こったろう城人質強盗事件に巻き込まれてしまう。犯人たちは町の名士ボストークの娘を含めた人質たちの解放と引き換えに、身代金と逃走用のワゴン車を要求する。しかし保安官は強引に事件を解決しようとしていた。

アイプリルシティに立ち寄ったヴァッシュは食事中に賞金稼ぎたちの襲撃を受ける。その場を難なくしのぐヴァッシュったが、なぜか今度は町の住民たちに命を狙われてしまう羽目に！町を維持するプラントにバグが発生し、住民たちは修復に必要な莫大な資金を彼の賞金で補おうとしていたのだ。

ネブラスカ親子を倒したヴァッシュは、その賞金をアイプリルシティに寄付する。そこにサンドスチームが到着し一人の女性プラント技師が降りてくる…。彼女の名はエリザベス。過去にヴァッシュが滅ぼしたと言われる都市「ジュライ」の生き残りであった。彼女はなぜかヴァッシュに接近をはかるのだが…。

サンドスチームに乗り込み、アイプリルシティを旅立つヴァッシュ。その船内でヴァッシュはカイトという密航者の少年と出会う。カイトの身の上話に同情したヴァッシュは、彼を自分の船室にかくまってやることにするが、実はカイトはB.D.ネオン率いる悪名高き盗賊団「バド・ラド団」の一員だった。

カイトの手引きで砂蒸気襲撃に成功したものの、大金庫の鍵を明けることが出来ないと知ったネオンは、砂蒸気をまるごと峡谷に落として船ごと金庫を破壊しようとする。自分の父親が設計した船が破壊されると知ったカイトは、船を守るためヴァッシュとともにネオンに戦いを挑むことに。

バド・ラド団の襲撃で走行不能になったサンドスチームを降りたヴァッシュたち一行は、バスにゆられメイシティに向かっていた。その途中、彼らは砂漠で行き倒れている一人の男を発見する。その男の名はニコラス・D・ウルフウッド…巨大な十字架を持った巡回牧師だった。

メイシティに到着してからというもの子供たちと遊んでばかりのヴァッシュ。彼はいつも遊びの輪に加わらない少年ニールを気にかけ、彼の家を訪ねるがそこでウルフウッドと再会する。ヴァッシュはニール親子のため、町で開催される「クイック・ドロウ大会」に出場することになるが、そこには陰謀が…。

行商を行うキャラバンの一隊と行動を共にするヴァッシュたち。ウルフウッドとミリィは、ふとしたことから踊り子のムーアを助けることに。そしてキャラバンが人身売買を行っており、ムーアが売りに出されようとしていることを知る。それを助けようとするミリィにほだされ、つい手を貸してしまうウルフウッドだが…。

人で賑わう休日の市場。青空のもと、ヴァッシュは平和なひとときを楽しんでいた。しかし、その背後に現れたレガートと名乗る白装束の男は突然彼に「君の命は…今日、消える」と宣告する。彼が置いていった紙袋の中には、ヴァッシュが接触した情報屋の体の一部が…。

刺客モネヴを倒したヴァッシュ。怒りに任せてとどめを刺そうとするヴァッシュの脳裏にレムの声が響く。銃を収め、モネヴを逃がしてやるヴァッシュ。メリルは今まで知らなかった凄惨な表情のヴァッシュに触れ呆然とする。報告書を作成しながら、ヴァッシュ・ザ・スタンピードという人物に思いを馳せるメリル。

メイシティの町で、ヴァッシュは荒くれ者にからまれている老夫婦を救うことになる。彼らは地主のモーガンに雇われており、モーガンは老夫婦の住む土地「ジオ・プラント」を狙っていたのだ。長い年月をかけて育てた緑の土地を守るためヴァッシュ一行は町の人間たちとともに老夫婦の家に向かうが…。

ジェネオラロックに到着したヴァッシュ一行。酒場に立ち寄ったヴァッシュは、店の惨状にただならぬ気配を感じ、それがレガートの仕業であることに気づく。ヴァッシュの前に現れた次の刺客は「GUNG-HO-GUNS」のドミニクだった。ヴァッシュはデイモン・アイズを使うドミニクに追い込まれるが…。

レガートに呼び出されオーガスタの街にやってきたヴァッシュの前に、GUNG-HO-GUNSの刺客、E.G.マインと雷泥が現れる。死闘の中でも相手を殺そうとしないヴァッシュ。その時、レガートの声に導かれるかのように、銃を持つヴァッシュの右手が第３の銃「プラント銃」へと変貌する。そして…。

新天地を求めて宇宙を行く移民船団「プロジェクト・SEEDS」。プロジェクトの一員であるレムとともに、母船には幼いヴァッシュとナイヴズの姿があった。新たな惑星にたどりつき色めき立つ一行だが、ささいな事から人間関係が狂いだし、破局を迎えてえていく。そして混乱の中で航行不能になる船団だったが…。

ウルフウッドは、酒場で街がヴァッシュ率いる一団に包囲されていることを知る。街の娘リィナと居候のエリクスを追ってきた一味はエリクスを撃ち重傷を追わせる。実はエリクスこそが「フィフスムーン事件」のあと行方をくらましたヴァッシュだったのだ。ウルフウッドはニセヴァッシュのアジトへ向かう…。

フィフスムーン事件以後、本社に戻っていたメリル＆ミリィ。そこへヴァッシュ発見の情報が入り、二人は再びヴァッシュの後を追うことに。一方、ニューオレゴンの街に着いたヴァッシュとウルフウッドは、街がポロ家とフリス家の対立に巻き込まれていることを知るが…。

ニューオレゴンの町を襲ったタイフーンに乗じて、再び行方をくらましたヴァッシュ。彼の行く先は空中に浮遊するシップ。20年ぶりに訪れる「故郷」には、先生と呼ばれる老人とその息子ブラド、その他多くの人々が地上の争いから逃れるようにひっそりと暮らしていたのだが…。

GUNG-HO-GUNSの魔人、レオノフの操る人形レオノフに加え、新たな魔人、ホッパードとナインライヴスがシップに侵入、三人の攻撃に人々はなす術もなく倒れていく。死闘の末、魔人たちを倒したヴァッシュたちだが、シップの動力室は破壊され、シップは砂漠に墜落してしまう…。

再び砂漠を旅するヴァッシュ一行は、キーパスの町に辿り着くが、武装した市民たちに追い出される。途方に暮れる一行だが、そこで町に忍び込んでいた少年と出会う。その後をつけると、砂漠の中に身寄りのない子供たちだけが暮らす古屋敷があった。食物の提供を条件に、屋敷に泊めてもらうが…。

町の広場で「ナイヴズ」の名が描かれたモニュメントを見て怒りを露にするヴァッシュ。しかし、ウルフウッドがザジを撃ったことで、ふたりの間にわだかまりが…。悩むウルフウッドをミリィが優しく抱擁する。翌日、一行を新たな魔人が襲うが、その一人チャペルは、ウルフウッドのかつての師匠だった!!

ウルフウッドを失い、失意のどん底に落とされるヴァッシュ。真実を知りたがるメリルに、ヴァッシュは過去の全てを話し、一人その場を去っていく。一方、エルアールの町にやってきたヴァッシュを GUNG-HO-GUNSの刺客、ミッドバレイの衝撃波が襲う。

レガートを殺して身も心もボロホロになったヴァッシュの介抱を続けるメリル、そしてミリィ。少しずつ元気を取り戻すヴァッシュとの毎日に束の間の平穏を感じるメリルだったが、村を訪れた商人によってヴァッシュの正体が村人に知れてしまう。ヴァッシュをリンチにかけようとする村人たちだったが…。

砂漠のオアシスでひとりヴァッシュを待つナイヴズ。現れたヴァッシュにナイヴズは「楽しかったかい、人間として生きて？」と問い掛ける。笑顔で答えるヴァッシュ。「ああ、最高だったとも！」万感の思いを胸に、いま二人の最後の戦いが幕を開ける…!!