女の子にとって、大きなイベント、バレンタインデー。ナナは憧れの神近君にチョコレートを渡そうとするが、邪魔が入り失敗。ふたたびチョコを作ろうとするナナだったが、祖父・六造がオーブンレンジを持っていってしまっていた。ナナは取り戻そうと、屋根裏の工房に行き、中で焼かれていた物体を取り出すと、その物体は輝きを放ち７つに分裂!?

３年生になったナナ。祖父のプリズムの研究はまったく進まず、いまだに７人のままだ。毎日違うナナが登校していたが、七人七色、それぞれ性格 が異なり、体形も微妙に違うものだから、学校で変な注目を集めてしまうし、さらに６人のナナたちは学校で一番最初に神近くんの手を握ったナナが学校に行く権利を得ると勝手に決めてしまう!!

祖父から衝撃の事実を伝えられるナナ。それは、「ナナたちは、プリズムが元に戻る１年後、元のひとりのナナに戻らなくてはならない。でなければ、七人全員がこの世から消滅してしまう」というのだ。そんなある日、神社で行われるフリーマーケットに特撮ヒーロー・ナナレンジャーのコスチュームを着てナナたちは出かけて行くが…。

ナナレンジャーのスーツを返しそびれたナナたち。そのスーツにプリズムを装着してナナたちが着ると、プリズムの力で本物のナナレンジャーのようなパワーを得られることが判明する。 そんな中、６人はそれぞれ「ナナっぺ」「ナナっち」「ナナりん」「ナナっこ」「ナナさま」「ナナぽん」と瞳に名前をつけてもらうのだった。

神近君と一緒の特進クラスに入ることができたナナ。だが彼の志望校を知らないことに気づく。どうやって志望校を調べようかと、ナナが悩みながら帰宅すると、家ではナナぽんに催眠術を掛けられた、彼女以外のナナたちが家中を掃除しまくっていた。それを聞いたナナは、ナナぽんの催眠術を使って神近君の志望校を探ろうとするが…。

抜き打ちテストで赤点を取ってしまい落ち込むナナ。気分転換にラジオを聴いていると、受験生をターゲットにした番組が流れてきた。その番組中、ある男の子からのＦＡＸが紹介され、耳を疑うナナ。それはナナのことをはげましているとしか思ええない内容だったのだ。しかもその男の子のペンネームは「Ｙ・Ｋ」。もしかして「優一・神近」？

熱を出して倒れたナナに代わり、ナナっちが学校に行くことになった。その日行われた調理実習で、神近くんに食べてもらおうと意気込むナナっち。しかし、完成した料理をテーブルに運ぶ時、木枯、林葉、森沼の３人組に足を引っかけられ、料理が台無しに!!そこでナナっちは、一週間後に３人組と料理勝負をすることになってしまうが…。

自分が分裂してしまったことを海外にいる両親には知らせていないナナ。六造はナナの母・みつ子に怒られることを恐れているのだ。母からエアメールが届き、喜ぶナナたち。その手紙には、母が、知り合いの女性にナナの英語の家庭教師を頼んだという。さっそく鈴木家にやって来た家庭教師・メロディーは、関西弁をしゃべる美女だった!?

ナナの代わりにナナりんが登校することに。遅刻しそうになったナナりんは、ナナレンジャーになって行くが、トイレで隠れて着替えたところを、クラスメイトの茜に見られてしう。その日のテストで茜がカンニングするところを今度はナナりんが見てしまう。放課後、そのことを注意すると、茜は「そのことを言ったら、ナナレンジャーのことをバラす」と…。

期末テストで赤点をひとつでもとったら、夏休み返上で毎日補習が行われるということになった。今のままのナナの成績では、赤点確実。そこで、家事はナナたちにまかせてナナは勉強に集中、朝は６時起床、夜は２時就寝と決め、１日10時間の猛勉強をすることにする。ところが、マイペースのナナっこのおかげで、ナナは寝過ごしてしまい…。

中学最後の夏休み。突然、神近くんからお祭に一緒に行こうという誘いを受けたナナ。ところがドキドキしてしまったナナは、すぐに返事が出来なかった。さらにその日は親友の瞳とハモを食べる約束をしている日。ナナは、ふたつの魅力的な選択肢に迷ってしまう。そんな約束を聞きつけたほかのナナたちは、ナナをとっちめようとお祭へ向うが…。

夏真っ盛り。くやしがるほかのナナたちをよそに楽しそうなナナ。今日から１週間、特進クラスは海で集中合宿を行うのだ。お泊まり、海、そして神近くんも一緒とあって、開放的で幸せな気分にひたるナナ。ところが、なぜか海にはほかのナナたちの姿が。実はナナたちも六造じいさんと一緒に海に…何かが起こりそうな予感!?

夏休みを利用してホームステイに向かおうとしている神近くん。しばしのお別れと、ナナたちは空港で見送る。神近くんの乗るサンフランシスコ行きの飛行機は大空へ飛び立つが、ラジオのニュース速報で、その飛行機が大ピンチになっていると知ったナナたちは、ナナレンジャーとなって悪天候の中、飛行機を探しだすのだが…。