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		第1話　運命「僕が？」「俺が？」「選ばれし者？」大洋市流星湖から、浮かび上がった怪しい物体。それは、悪の遣い・ゴーモンが地球に飛ばしてきたいん石から漏れてきたマザーであった。白鳥健太郎、木戸猛、杉野ゆう子は中学二年生。健太郎も、猛も、この物語のヒロインであるゆう子に心奪われていることは、言うまでもない。このふたりが１４歳の誕生日を迎えた深夜零時、彼等の前に異変が・・・。正義の象徴・コプーに悪の遣いゴーモンの覚醒と、この世を救うために選ばれたのは健太郎と猛だと告げられる。そんな中、マザーの細胞が犬に乗り移り、妖獣となって、ふたりに襲い掛かる。健太郎を守ろうとした勢いで、ふたりは崖から海に落ちてしまう。コプーが、海底から現われ、正義のエージェントとなったふたりに、その証として、危険を察知するボップと健太郎の右手首、猛の左手首にブレスレッドが与える。奇跡的に一命を取り留めた健太郎と猛に、また妖獣が、襲い掛かる。（運び込まれた病院まで追い掛けてきた。すごい）逃げまどうふたり。コプーが言った、「ふたりがひとつになる時、正義の使者・バロムワンとなる」という言葉の意味をまだ理解できないまま・・・。その時、ふたりのブレスレッドが、光を放った・・・。

		第2話　暴走「僕は嫌なんだ！戦いなんて・・・いやなんだ・・・」バロムワンがゴーモンに倒される夢に魘され、苦悶する健太郎。バロムワンになれる力を持ち、はしゃぐ猛。健一が、車を買い替えた。スクラップ工場に持ち込まれた健一の車に、マザーの細胞が入り込もうとしていた。そして、無人車が人を襲う事件が発生し、魔の手はついに健一へ・・・。（古いものを大切に。ゴーモンもまた正しい）事件が、ゴーモンの仕業だと知っているのは、ふたりだけ。また、それを倒すことができるのも、バロムワンだけである。戦いを拒むことの出来ないふたりは、ボップを頼りにマザーの乗り移った車を探す。やっと見つけ当てたその場所で、不可思議な事件を解決しようとする麟太郎が、マザーが乗り移った車に銃口を向けていた。

		第3話　狂騒「信じてもらえやしないよ・・・」動物園から脱走したニホンザル・桃太郎。（あっぱれ）自由を楽しむかのように逃げ回る。そして、その夜、流星湖の水を飲んでいた桃太郎にマザーが襲い掛かる。（流星湖付近危険です）逃げ回っていた桃太郎は、開園100周年記念イベントの開催される動物園に戻る。健太郎、猛、ゆう子は、やっぱり！そのイベントにやってきた。ボッブが桃太郎に反応した。彼を介し、動物達に変化が起こり始めたのは、夜になってから。動物達を操っているのが桃太郎だと知っている健太郎と猛は、彼を探しに二手に分かれる。ボップが反応した・・・。猛の背後に、妖獣に姿を変えた桃太郎が・・・。一方、豹変した動物達が園長室の前に集まった。象のボンゴを先頭に、人に襲い掛かる勢いだ。それを必死になだめる飼育係の三崎さん。その愛に、ゴーモンは勝てるのか？

		第4話　波動「助けなきゃいけないのか」動物園に現れたバロムワン（人はまだその名を知らない）のことが日本中の話題になっている中、グループ研究でバイオ研究所を訪れる健太郎、猛、ゆう子。そこに、巨大なハエトリグサが・・・。珍しい植物にデジカメを向け撮影するゆう子の前に不良少年がハエトリグサに物を投げたり、辛子を掛けたりしてからかっている。しまいには、口紅でいたずら書きをして帰っていく。その夜、不良少年・鈴木の身に・・・。そして、次々と彼らを食い殺す事件へと繋がる。ハエトリグサにゴーモンが乗り移ったに違いないと、麟太郎の捜査に情報を提供する健太郎と猛。しかし、当然のことながら、彼は子供の話しに全く耳を傾けてはくれない。そして、とうとうゴーモンと戦うバロムワンを、麟太郎が目撃することに・・・。

		第5話　予兆「またひとつ謎が生まれた・・・」ペットショップに強盗が入った。1匹50万円以上もの値がつくというヘラクレスが盗まれた。オークションにかけられたヘラクレスに、ゴーモン細胞が近づいていく。一方、麟太郎は、生物学者・まり子を呼び、最近起きる怪事件についての相談をしていた。変身巨大化した既存の生物、無機物から採取したサンプルには、どれにも良く似た細胞があるとの情報を受け、まり子が研究室へ持ち帰り調査することに・・・。その頃、巨大化したヘラクレスが、街を襲い始めていた。バロムワンに変身した健太郎と猛は、宇宙研究所で、流星湖の異変を健一たちが気付き始めたことをまだ知らない・・・。

		第6話　敵意「プレッシャーを感じない？」警察から頼まれて、一連の事件の細胞を調べていたまり子はそれが不均一に肥大化していることを突き止める。一方、健一は宇宙研でエネルギー反応の動きが事件と関係していることに気付く。（すげー夫婦だ）そして、健太郎は、「バロムワンクラブ」というサイトを立ち上げ、妖獣の情報を集めていた。ゴーモン細胞は地下を徘徊するネズミに入り込み、ガス管を壊し始める・・・。その頃、健一が判明した情報を盗聴され、テレビ局から、情報を公開しろと、脅迫されていた・・・。

		第7話　転機「完璧にやれるはずないよ・・・」麟太郎は、宇宙研が調べた情報から妖獣と流星湖には関連性があると確証、警察は極秘ながら本格的に妖獣の捜査に乗り出す。（麟太郎、出世かも）そして、最近、よく起きる地震にも、世の中の不安は色濃くなっていた・・・。そんな中、3年連続優勝をかけた体操部の試合の応援に行く健太郎と猛。もちろん、そこにはもちろん東郷先生の姿も・・・。（ふふふ）いざ、ゆう子の出番が来たときに、（やはり）地震が起きてしまう。天井から吊り下がる照明が大きく揺れてゆう子めがけて落ちてくる・・・。怯えて身動きも出来ないゆう子。健太郎と猛がそこへ飛び込んでいく。床が割れて、三人は、地下へと落ちて・・・。

		第8話　浮上「白鳥くん・・・猛くん・・・戻ってくるよね？」バロムワンの存在がクローズアップされる中、健太郎と猛は自ら流星湖の調査に乗り出す。すでに、警察と防衛庁が調査に来ていたが、それに見つからないようにしていると、見つけてしまった！　妖獣だ！　闘いの後、二人は警官に見つかり、家に連れ返されてしまう。（トホホン）一方、警察官は流星湖付近で謎の物体を発見する。記者発表をした健一は、健太郎と猛の予感どおり、狙われることに・・・。宇宙研に三人の謎の男が現れ、健一と宇都宮に襲い掛かった・・・。

		第9話　告白「ゆう子！俺たちに何があっても、驚くなっ！」宇宙研を襲った男たちは、謎の物体を奪って逃走した・・・。襲われた健一の安否を確認した健太郎は、猛とゆう子が来ているはずの家に帰るが、ゆう子が来ていない！二人は懸命にゆう子を探すが、手がかりは掴めず、警察に連絡をすることとなる。そして、それは誘拐事件に発展する。犯人からの連絡が入った。謎の物体＋ゆう子と引き換えに、2億円要求するとのことである。（謎の物体とゆう子、2億円の比率は？）身代金の受け渡しを買って出た健太郎と猛は、犯人の命じるまま、とある廃墟ビルへ向かう・・・。ゆう子の前で、変身しなければならないのかっ！！

		第10話　暗黒「僕は、僕を信じている」取り戻した謎の物体の中に、奇妙な生物を見つけたまり子は、それを本部長の東に見せる。すると、近づいた東の様子が一変、同時に、大地震が起こり、世界は混乱へと陥るのだった。この地震をきっかけに、連続する怪奇な事件は、バロムワンのせいではないか、との報道がなされるようになる。しかし、ゆう子の父、誠が天変地異はニュートラル・ベルトが原因であると主張。国立宇宙天文台所長、星野もその事実を証明するのだった。そして、星野は続けた。「ニュートラル・ベルトへ地球が突入することは善と悪が闘う時を告げ、悪が勝者となった時、以降2万5千年は悪の時代が訪れる・・・」と・・・。

		第11話　陰謀「明らかに、俺たちに対する挑発だよ！」バロムワンを悪に仕立て上げようとした東の企みは、誠の活躍により失敗に終わった。しかし、秋葉原の電波塔を破壊し、情報の統制に成功した東は、猛、紀子、浜田先生をおびき出し、人質にする。健太郎とゆう子は、東からの呼び出しを受け、スタジアムに向かう。一方、極秘に東の身辺捜査を進めていた麟太郎たちは、彼のパソコンから、健太郎、猛らの画像を見つけるのだった・・・。バロムワンの秘密を、明かすまでは、誰一人、助けられそうにない。皆の前で、変身を決意する二人・・・。ゆう子の声が、スタジアムに響いた・・・。「ここで、変身しちゃダメー！！」東の罠に落ちたバロムワン。この絶体絶命の窮地を乗り越えることができるのであろうか・・・。

		第12話　反撃「ああ・・・もう限界だな」東の罠に落ちた健太郎と猛は、バロムワンに変身し、何とか人質であったゆう子らを助ける。事件後、ふたりは、この拉致事件がバロムワンの正体を確かめるための罠であったことを改めて認識し、東にボップが反応したことも含め、それぞれの父親に事実を打ち明けようと決意するのであった。自らの息子がバロムワンだと聞いて、驚嘆する健一と麟太郎・・・。しかし、危険がそこに迫っている・・・。そして、東がゴーモンであると聞いた麟太郎は、すぐ署長室に向かう。警察署の警官がゴーモンによりマインド・コントロールされていることに気付かない麟太郎は、署長室内に監禁されてしまう。そして、警官たちが、東の命令により、健太郎と猛を捕らえるために動き出した・・・。その頃、ゆう子、紀子、浜田先生が、異常な頭痛に襲われていた。

		第13話(最終回)　未来「私たちを・・・、地球を守って！」マザーのカプセルが大きくなり始めた。研究所にいたまり子、ゆう子、紀子、浜田先生が、ゴーモンのマインド・コントロールを受け、東の待つ場所へ移動する。そのエネルギー移行に気付いた健一と宇都宮は、同じ場所へ向かう。東との闘いに傷つき疲れ果てたバロムワンのもとへ、コプーが現れる。ゴーモンの力が急速に強くなっているため、地球に留まることのできないコプーは「自分たちで答えを探せ」と、東の元へふたりを送り込む。そこにはすでにゴーモンの手下と化した紀子、浜田先生、まり子、そしてゆう子の姿が・・・。彼女たちをゴーモンの母にし、この世をゴーモンで満たす儀式が始まろうとしていた。健太郎と猛はバロムワンに変身しようとするが、そうすれば、そこにいる全ての人間を銃殺されてしまう・・・。カプセルが割れ、そこから、四人の女性にマザーの触手が伸びていく・・・。