第1話　ローマ使途への手紙、復讐するは、我にあり

あの大破壊から数年後、傷ついた体を癒すため身を隠していた慎一の心に、ひとりの少女の叫びが届く。彼女はいったい何者なのか？慎一との運命的な出会い、それが神と魔獣たちの壮絶な戦いの新たな幕開けとなることをまだ誰も知る由もなかった・・・。

第2話　マタイ伝　眠れる子供

慎一と亜矢可の間に何かあると感じた富三郎は、彼女の秘密を暴くためにジェームス博士の病院に乗込んだ。そこで富三郎は、亜矢可が慎一を誘き寄せるために彼の万能細胞を植え付けられている事を知る。そのころ慎一を狙って新たな魔獣たちが現れた！

第3話　ヨブ記　主与えたまい、主取りたまう

恐竜人間たちに囚われてしまった亜矢可。彼女を救うべく、慎一と恐竜人間たちとの壮絶な闘いが始まった。しかし亜矢可を体内に取り込んだ恐竜人間に慎一は為す術がなかった。そのとき、亜矢可の名で眠っていた何かが目を覚ます。

第4話　マタイによる福音書　神が結び合わせし者たち

亜矢可の安全のため、富太郎の故郷に身を隠す慎一たち。そこでその村に伝わる黄金像を目にする。それはまさに慎一そのものだった。そんな中、魔の手は確実に彼らを捉えていた。

第5話　マルコによる福音書　群れし者たち、彼の名はレギオン

敵の罠にはまり囚われた慎一。無数の注射器が慎一から血液を抜き取っていく。ロックウェル博士はそこから真理阿の血を再現し、神を復活させようとしていた。一方、亜矢可は慎一のために何も出来ない自分を責めていた。そこへ死んだはずの真理阿が現れ…。

第6話　ローマ使徒への手紙 罪が支払う報酬

ロックウェル博士はひとり研究所の爆発から逃れ、ある場所へ向う。一方、戦いを終え村に戻った慎一たちだが、そこで彼らを待ち受けていたものはなんと国防軍機甲兵士だった。来留間源三ではない、他のとてつもない組織が裏で手を引いていたのだ。

第7話　ヨハネの黙示録 我はアルファにしてオメガ

国防軍に単身乗り込む慎一。だが、ロックウェル博士によって神の遺伝子を持つ万能細胞を注入され、凄まじい力を持った国防大臣、蝉丸にまったく歯が立たなかった。もう終わりかと思われたその瞬間、不思議な光をまとった少年が現れた。彼は果して敵か味方か？

第8話　創世記 エデンの園

ノアの出現により復讐は終わり、平和が訪れると思っていた慎一たち。しかし完璧と思われていたノアは、慎一の血との拒絶反応を起こしてしまう。神の本当の復活には不純物の無い、より真理阿の血に近いものが必要なのだ。そこで源三は亜矢可に目をつける。

第9話　ヨハネによる福音書 一粒の麦もし死なずば

亜矢可はフィッシャーマン博士のもとに連れ去られてしまう。行方がわからず苛立ちを隠せない慎一。無情にも源三たちの手により亜矢可から血液が抜き取られていく。一刻も早く駆けつけようとする慎一の前に新たなニューマンが現れそのゆく手を阻む。亜矢可の運命は？

第10話　ヨハネによる黙示録 メギドの丘と呼ばれる所

愛する者を次々と奪われた慎一は、源三への復讐の炎を燃やす。一方、大破壊の時現れた２つのエネルギーが再び月から地球に近づいていた。それは神の復活を意味し、今まさにそのためのステージが作られようとしていた。

第11話　イザヤ書 おまえにとってあまりに清い

ノアの神の力によって、慎一と融合していた動物たちが次々と彼の体から離れ襲いかかる。愛する仲間たちにされるがままの慎一。ノアは慎一を死なせずに苦しみを与えつづける。果たして完璧な神を相手に為す術はあるのか…。

第12話　ヨハネによる黙示録 獣の刻印

母の、真理阿の、そして亜矢可の呼びかけにより魔獣の力を取り戻した慎一。ネオノアの力に屈することなく突っ込んでゆく。一方、富三郎もまた亜矢可の形見の真珠に導かれ、慎一のもとへ。そして駆けつけた富三郎がそこで目にしたものとは…。

第13話(最終回)　コリント使徒への手紙 死よ、おまえの棘はどこに

慎一を支えていた女性たちが消滅し、人間の心を失い、復讐と憎しみ、破壊の超魔獣へと変貌してしまった慎一。すべての生物を吸収しながら、進んでゆく。日本列島がみるみる暗黒の渦に飲み込まれる。そして慎一の行動に影響され、今まさに神が目覚めようとしていた。この暴走を止めるため、富三郎は都心に伸びた黒雲に飛び込んでゆく。